Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Марийский государственный университет» создан 1 января 1972 года в соответствии с Постановлениями Совета Министров СССР от 9 марта 1971 г. № 155 и Совета Министров РСФСР от 15 апреля 1971 г. №214. По распоряжению Правительства РФ от 16 августа 2007 г. № 1062-р и приказу Рособразования от 5 сентября 2007 г. №1657 в январе 2008 года была осуществлена реорганизация университета в форме присоединения к нему ГОУВПО “Марийский государственный педагогический институт им. Н.К. Крупской”, с января 2010 года Марийский аграрный колледж стал филиалом МарГУ.
Марийский государственный университет включает в себя 6 институтов (аграрно-технологический; финно-угроведения; экономики, управления и финансов; институт открытого образования и информационных систем; институт педагогики и психологии; институт повышения квалификации и переподготовки кадров), 10 факультетов (историко-филологический; физико-математический; биолого-химический; электроэнергетический; юридический; международных отношений; физической культуры, спорта и туризма; культуры и искусств; технологии и профессионального образования; иностранных языков), 62 кафедры. Подготовка кадров ведется по 56 специальностям (направлениям).